Mailのツールバーをカスタマイズしてもリセットされる。

解決策ではないのですが、私も同じ事を経験しています。それも使っている最中に突然リセットされました。

また、その他のいくつかのアプリケーションでも、突然設定がデフォルトになったり、

立ち上げ直すと設定した状態に戻ったり、再設定しないとデフォルトのままになったりと、

High Sierraにアップしてから経験しております。（私はクリーンインストールではありませんが）

coolappleさんがクリーンインストールという事ですので、なんとなくHigh SIerraの不具合の可能性、

特定環境下での初期設定の不具合、という可能性があるように感じております。