Time Machine 別々のデータを複数にバックアップ

できません。

timemachineに複数のバックアップ先を指定することはできます。しかし、どれにも同じバックアップができます。時間的な振替はするようですけど。ある時刻でhdd Aにバックアップすると、次のバックアップはhdd Bにできるという具合です。でも１日経てば、1時間ごとのバックアップは消去されますので、両方とも基本的には同じになります。

timemachineのプロセスを同時に複数立ち上げることができれば、ご希望のことはできるかもしれませんけど。timemachineのプロセス１にはHDD1のバックアップを取るように設定し、timemachineのプロセス２にはHDD2のバックアップを取るように設定します。

はに さんがお書きの通りできませんが、片方は何か他のバックアップアプリケーションにまかせてクローンとかではダメでしょうか。