MacBook Air か MacBook Pro のどちらかにしようと思っています。

まあ、本来は、AppleStoreに電話をして聞くのが一番の早道で、かつ正確な回答が得られるのですけれど…。

AppleStoreでもカスタマイズ注文は可能です。

（後日、配送という事にはなります）

また、Sofmap Mac Collection等のApple直営店以外の店舗でも、カスタマイズ注文出来る所はありますし、Sofmapの場合、一部のカスタマイズモデルは在庫として置いてあり、その場で持ち帰り出来る場合もありますし、直接店舗に行く事が出来なくても、電話でのカスタマイズ注文も可能です。

また、カスタマイズしようとしまいと、プリインストールされているApple純正のアプリは同じです。

店で発注するときも、結局、販売店専用の注文ページで発注をかけているようなものなので、オンラインのストアで可能な事は、カスタマイズ対応の店舗でも可能です。

よって、何が出来るのかは、オンラインのAppleStoreの注文ページを見てみれば判ります。

追記

なお、その２機種から選ぶのなら、絶対に、MacBook Proを選択すべきです。

MacBook Airの設計は、かなり古い上に、液晶の品質が悪いです。

しかも複数のメーカーから液晶パネルを調達している為に、ハズレメーカーの液晶パネルを引いてしまうと、色再現性等の表示性能に対して、後悔する事になります。

MacBook ProやMacBookは、それなりの液晶パネルを採用していますし、出荷前に１台づつ調整されています。