iPhoneの修理

失礼致します。

その修理はiPhoneの交換となるのですが、その際、保証期間内でも料金は発生しますか？

Apple サポートに相談した際に、確認されなかったのでしょうか？

保証期間内にユーザに全く瑕疵が無い状態で不具合が発生したのであれば、無償での修理（または交換）になると思います。

（液体侵入や落下等の衝撃、強い磁気に晒す、高温または低温に放置等、不具合の原因がユーザに無い場合。　ユーザに覚えが無くても、その痕跡が有る場合は、有償になる可能性が有ります）

確認ですが、その交換と言うのは「エクスプレス交換サービス」の事ではなく、通常の修理の過程での交換と言う事ですよね？

（「エクスプレス交換サービス」の場合は、保証期間内であっても有償での交換となります）

iPhone エクスプレス交換 - Apple サポート

それは今一度、Apple に確認するのが良いかと思います。