ストレージの項目別容量が正しくなく、システム情報を開くと挙動がおかしくなる

iMac(21.5inch Mid 2011)を使用しています。macOSは10.12.6 Sierraです。内蔵ストレージは1TBのHDDで、iTunesとiMovieのライブラリはFirewire800接続の外付けHDDにおいています。

左上の「アップルマーク」>「このMacについて」>「ストレージ」と進むと、内蔵ストレージの使用状況が、項目ごとに表示されます。ここで以下のようなトラブルが発生しているのですが、原因と解決方法をご存知であればお教えください。

1. 内蔵ストレージの項目別の容量表記が正しくない

以下に添付した写真のように、「写真」（Photo Appのライブラリ）容量と、「ピクチャ」フォルダ（Photo Appのライブラリを含む）の容量がダブって計算されています。結果的に、この画面を開くと空き容量ゼロになってしまいます。

また以下の写真は、外付けHDDを外した状態でのものなのですが、外付けHDDを接続するとiTunesライブラリの容量も内蔵ストレージ内の区分で計算され、やはり計算上の空き容量を圧迫してしまっているように表示されます。

内蔵ストレージの項目区分が不正確である場合の解決策として、Spotlightの再作成をするとよいと聞きましたので、これまでに数度、異なる手法で実施し、実施後半日ほど放置してみましたが、改善されませんでした。「ディスクユーテリィティ」でも特別問題は検出されていません。サードパーティ製品になってしまいますが、「Onyx」による処置も施しましたが、変化なしです。

容量計算が不正確であるのはなんとなく気持ちが悪く、特に全く改善されないという状況が1年以上続いているのも気になります。

2. 「システム情報」を開くと挙動が不安定になる

上述に関連するのですが、「このMacについて」>「ストレージ」に入ると、アプリとしては「システム情報」が起動すると思います。そこで項目ごとの容量計算が正しくないという状況が発生するのですが、同時に極度に動作が重くなり、ほとんどフリーズに近い状態になってしまいます。ほぼ2時間程度マウスの操作もできません。この状況を脱しても、実質ほとんど作業できる動作でなく、半日ほど放置して「システム終了」までなんとかカーソルを持っていくような感じです。

上述のストレージ計算の不調と、同一の原因によるのかどうか確信が持てなかったので別の問題として分けましたが、計算不調で空き容量がなくなり、メモリ不足になった症状のようにもみえます。

１だけであれば、気にしすぎなければ済みますが、２の問題を併発してしまうので困っています。

原因がなんであるのか、解決策はあるのか、を教えていただければ幸いです。

（追記）もしOS Sierraだから放置されているトラブルで、High Sierraで改善されたことになっているトラブルでしたら、申し訳有りません。