機種変更

「iCloudフォトライブラリ」の有効／無効、「マイフォトストリームにアップロード」の有効／無効、パソコンのiTunesを介した取り込み・同期の有無、パソコンの写真appを介した取り込み・同期の有無など、お使いの環境によって写真の確認やトラブルシューティングが変わります。

こちらもご参考にどうぞ。

写真がなくなった場合の対処法 - Apple サポート

3000枚の写真はパソコンやクラウドサービスに保存していないのでしょうか。

パソコンはお持ちでしょうか、持っていいるならパソコン上に写真は保存されていませんか?

それとも復元はiCloudバックアップから行ったのでしょうか。

それがわからないと仰ってますが、まず、新機種にはどのように1000枚の写真を入れたのでしょうか。

普段データのバックアップはどのように行ってましたか？

あと最初の1000枚とは最新の1000枚ですか？

旧機種新機種の機種名や両方のOSバージョンの情報なども書き込めば何かわかる人がいるかもしれません。かもですが。