失礼致します。
購入履歴を見たら保留になってました。
下記リンクの Apple サポート記事によれば、「履歴の上部に「保留中」セクションが表示される場合が有ります。 ここには、アカウントにまだ課金されていないアイテムが表示されます。」と記載されていますので、「保留中」なのに 3,000 円が課金され、残高から実際にお金が差し引かれているとすれば、明らかにおかしいですね。
Mac や Windows パソコンの App Store または iTunes Store で購入履歴を調べる - Apple サポート
確認ですが、実際に購入が完了しているなら、Apple から 100 円及び 3,000 円のアイテムの「領収書」メールが届いているはずですが、届いていますでしょうか?
(購入が完了していてアイテムが反映されていないのなら、「問題を報告する」をタップして返金請求を行う事も出来ます)
また、App Store から一旦サインアウトして再びサインインすると、3,000 円のアイテムが反映されていませんでしょうか?
反映されていない場合、及び 3,000 円のアイテムの「領収書」メールが届いていない場合は、Apple サポートに連絡して対処して貰って下さい。
【 Apple サポート 】
● 電話番号 : 0120 - 27753 - 5 (受付時間 : 午前 9 時 〜 午後 9 時)