Apple Payが勝手に起動するのを防ぎたい

あなたがやってることは、パスモとスイカを2枚重ねて改札にタッチしてるのと同じです。何かしら誤作動や不便があって当然です。それぞれ分けてタッチするのが当たり前でしょう。

iPhoneにSuicaを入れていたらダメですが、そうでなければ財布に異種の非接触カードを入れているのと同じなので、Apple Pay(というかWallet)が反応したとしても特に問題はないです。

自分はiPhone 6のとき、手帳型ケースにSuicaを入れていましたが、iOS10になってから(iPhone 7でFelica対応してから)改札でWalletが反応してました(放っておけば消えるので特に困りはしませんでしたけど)。iPhone 6はFelica/Apple Pay対応じゃないけどNFC/Felica電波に反応するんだと思った覚えがあります。

このときの動作から考えると、現実的な対応策じゃないと思いますが、iPhoneの設定をApple Pay非対応の国にしておけば、NCF/Felicaの電波に反応しなくなるのじゃないかと想像します。

オフにするような項目が設定にないですね。できないと思われます。

それなりに同じ状況の人はいそうですね。

ハードソフトウェア的に、同時にかざしてトラブらないのは考えようによっては立派な気がします。