>Apple Watch Series 2に転送しました所で、
転送(移動)したのですから、iPhoneから消えるのは当然です(転送は複製ではありません)。
Suicaはプリペイドであり、現金と同じです。現金をコピーして2つの財布に入れておけないのと同様、SuicaはiPhoneかWatchかいずれかにしか入れておけません。
言うまでもなく、WatchからiPhoneに戻せばiPhoneで使えるようになります。
なお、Suicaの転送を行うと、Suicaに割り当てられる固有番号が変わります。電車で移動中にSuica転送を行うと、入場したSuicaと出場しようとしているSuicaが別物と判断されますので、改札を出ることができなくなります。ということで、電車に乗っているときはSuica転送を行わないでください(Watchで乗って、iPhoneで出るとかはできません)。