非表示の購入済みアイテムの消去

＞その際はアプリをPC上から完全消去できたのですがその機能はなくなってしまったということでしょうか？

従来から「完全消去」はできない仕様になっています。この場合も「非表示」にできただけです。

また、最新のiTunesではアプリの管理機能が廃止されていますので表示・非表示の設定もPCからはできません。

＞iPhoneをリセットすれば購入履歴などはリセットされますか？

いいえ、購入履歴はリセットすることはできません。永遠に残ります。

「非表示」にはできますが「完全消去」することはできません。