失礼致します。
iCloudを使用しているアプリは、ヘルスケアとSiriのみでしょうか? その場合は、一度、iCloudからサインアウトして、再度、サインインしてみるとどうでしょうか? それでも、iCloudストレージの使用量が実態を反映していない場合は、ユーザーの側では対処できないので、アップルのサポートに直接相談する必要があると思います。
→ こちらから
過去にも、iCloudバックアップに関連して、iCloudストレージ上に一時ファイルが残ってしまうという不具合がいくつか報告されています。