iPhoneの写真をMacBookProに保存したいが、、、

＞写真のアイコンビューアは残っているんです

単にサムネイル画像を表示してるだけだと思います。

＞外付けHDDにバックアップを取っているのですが

どのような方法でバックアップしてますか？

外付けHDDに写真ライブラリをコピーしたのなら、エイリアスになってる可能性も考えられますね。

＞ファイルは見つかりますけど、中身がないというか、エイリアスのような感じです

エイリアスならファイルの下に矢印があると思いますが、オリジナルがなければ意味がないです。もし、矢印付きのファイルならcontrol + クリックでオリジナルを表示できると思いますが、その状態ではオリジナルが見つからないとなるでしょう。

多分、バックアップに関して少し違った方法でしてしまってたのではないでしょうか？

もし、iCloudから完全に削除してしまったなら、復元する方法はないと思いますよ。 なので、iCloud.com（または、Macの。iPhoneでストレージに最適化にしてる場合にどうなのか不明なので）にアクセスしてゴミ箱から復元できるかどうか確認してほしいのですが。

iPhoneから動画像を消去したならMacの写真ライブラリ内にもデータは既にないはずなので、iCloudになければどうにもならないのです。

それと、Macの写真.Appは画像管理アプリケーションです。 iCloudフォトライブラリをオンにしていても、設定によって解像度は異なりますが、ファイルそのものは写真ライブラリにダウンロードされます。 これは、iCloudフォトライブラリで同期してる場合や、有線接続で読み込んだ場合でも同じです。

違うのはiCloudフォトライブラリの場合、一つのデバイスでデータを消去すると他のデバイスでも自動的に消去されることです。