iCloudにiPhoneの写真の一部しかバックアップされない。iCloudの容量は50GBあります

パソコンのiTunes.appを使って写真をiPhoneへ同期していませんか？　その場合、写真はiCloudフォトライブラリーにコピーされないようです。　

→ iCloud フォトライブラリに問題がある場合 - Apple サポート

iCloud フォトライブラリを有効にした後で写真やビデオがなくなった場合はどうすればよいですか？

なくなってしまった写真やビデオが、写真 App の「最近削除した項目」アルバムの中に入っていないか調べ、正しい Apple ID で iCloud にサインインしているか確認してください。

iTunes を通じてデバイスにコピーした写真やビデオは、iCloud フォトライブラリにはコピーされません。オリジナルのフル解像度のバージョンを追加するには、以下の手順を実行してください。

iCloud フォトライブラリとマイフォトストリームという似た物が有りますが、実はだいぶ違いものです、iCloudフォトライブラリをオンにしてますか？

マイフォトストリーム はJPEG,TIFF,PNGしかアップロードしません。iCloudフォトライブラリはより多くの形式に対応してます。

詳しくは以下を参照下さい。

https://support.apple.com/ja-jp/HT205743

見当違いでしたらごめんなさい。

一部と言っても、カメラロールの全てでは?

iCloud フォトライブラリをオンにすると、バックアップとは違いますが、iCloudにカメラロールに無い写真もアップロードされます。

それができていないのかな。

"iCloudフォトライブラリ"をオンにすると、そもそも"カメラロール"ってなくなりませんか？

hiroさんの指摘通りで、iCloudフォトストリームを有効にすると、「カメラロール」ではなく「全ての写真」になる気がします。

設定>写真 の画面のスクリーンショットを共有できませんか？