「迷惑メールではない」を選べない

失礼致します。

OSは、10.13.2。

取り敢えず、macOS を macOS High Sierra（10.13.3）にアップデートして見ては如何でしょうか？

以前はあった「迷惑メールではない」を選ぶところがなくなっています。

以前は「迷惑メールではない」ボタンがメール本文の上部に表示されていましたが、macOS High Sierra（10.13.x）ではツールバーの「迷惑メール」ボタンが、状況に合わせて「迷惑メールではない」ボタンに変わります。

下の画像の様に、通常時は「迷惑メール」ボタン（矢印が下向き）ですが、

「迷惑メール」のメッセージを選択すると、「迷惑メールではない」ボタン（矢印が上向き）に変わります。

（只、「迷惑メールではない」ボタンをクリックすると、メールが「受信トレイ」に移動しますので、メール本文上部の「“受信”トレイに移動」ボタンと、実質変わらないのではないかと思います）