itunesライブラリの統合について

MacbookProで、macOS10.12.6(Sierra)の環境でitunes12.7を使っております。曲数は３万曲ほどです。

先日、外付けHDDのライブラリの容量が異常に増えていることを不審に思い確認してみると、

ライブラリ階層が以下のように、分かれてしまっておりました。

①HDD/itunes/itunes Media/Music/音楽データ

②HDD/itunes/音楽データ

なぜ、以前のitunesライブラリ形式のデータが混在してしまったか不明なのですが、現状のituneフォルダをバックアップして、他のHDDにコピー＆「ライブラリの統合」を試みるも、すべての楽曲が、①にコピーされていないようで、アルバムによっては、虫食いのように曲データが無くなっております。結果的に、曲の再生チェックをしてリンク切れファイル（！）を一つづ直すのは、非常に煩雑で、なんとかきれいに①に統合して、復旧させたいのですが、良い方法をご存知でしたらご教示頂きたく、よろしくお願い致します。