このフォルダ箇所にデータをコピーしましたが合っていますでしょうか…
つまり、内蔵HDD内の各フォルダを、外付HDDの各フォルダに上書きコピーしたと…。
知らないとは言え、怖い事を…。
外付HDD側は、新規にシステムをインストールしたので、完全にまっさらな状態で健全なシステムファイルだったわけですけれど、それを不具合が出るかもしれない内蔵HDDのシステムファイルに上書きするという事は、通常、リスクが高すぎるのでやりません。
まして、昔のOS9の時代ならともかく、今のMacOSは、コピーしただけでは正常に動かないアプリ等もありますから…。
外付HDDをパーティーション分けをしなくても、ユーザーフォルダ内に「Backup」とか任意の名前を付けたフォルダを作って、そこに内蔵HDD内の各フォルダをコピーしてしまえば、健全な外付HDDのシステムはそのままで、内蔵HDD内の全データをコピー出来たのですが…。
まあ、今現在、普通に動いているのなら構いませんが、今後は、あまり無茶な事はしないほうが良いです…。
必要なファイルが正常に外付HDD上にある事が確認出来ているのなら、外付HDDをフォーマットした時と同じように、内蔵HDDをフォーマットし直せば、パーティーションマップも作り直されますので、それだけが原因なら、正常化出来ると思います。
もし、内蔵HDDのエラーの原因が、ディスクの読み書きが出来ないBadSector(バッドセクタ=代替処理不能セクタ)が原因なら、内蔵HDDにシステムをインストールしてもディスクに正常に読み書き出来なくなる危険もありますので、その場合はHDDの交換を考える必要があります。
内蔵HDDの動作の正常化が確認出来る迄、外付HDDのデータを消去しないように注意して下さい。
S.M.A.R.T情報が「検証済み」になっていても、HDD製造メーカーが規定した一定の数値迄は、読み書き不能領域があっても、ディスクユーティリティでは異常として表示されません。
(参考)
HDDが損傷したようなので、対処法に苦慮しています。