確認コードを入力すると東京の千代田区で使用されていますの表示がでます。実際には東京ではありません。

失礼致します。

２ファクタ認証のサインイン通知に表示される位置情報は、デバイスがその時点で使っている IP アドレスに基づいて割り出したおおよその位置を示している為、デバイスの実際の所在地ではなく、接続先のネットワークを反映した場所が表示される事が有るのは、或る意味仕様なので仕方が無いと思います。

表示される場所がデバイスの実際の所在地でなくても、サインインしているのが本人であれば、「許可」をタップしてサインインを続行して構いません。

（但し、本人がサインインしていないのに「Apple ID が新しいデバイスでのサインインに使われている」と言う通知を受け取った場合は、「許可しない」をタップしてサインインを阻止する必要が有ります）

Apple ID の 2 ファクタ認証 - Apple サポート

アクセス位置は、ISPで判断されているので、200-300kmくらいのずれはざらです。

タイミングが重要なだけ。