17年モデルのSEですが、録画すると演奏が始まると録画レベルが極端に下がり、演奏が終わると元のレベルまで戻ります、まるでリミッターがかかっているみたいな感じです、録画中はわからないのですが後で再生するとその様に録画されています、このリミッター解除の方法はありますか？

録画のアプリは何ですか？

電話の場合は、

設定＞一般＞アクセシビリティ

の聴覚サポートのところにある電話ノイズキャンセリングが関係してるかもしれませんけど。これは、本来は周りの音（ノイズ）を減らして聞きやすくするためのものです。録画を行うアプリがこの機能を利用してると、音源の一部をノイズとしてキャンセリングしてるのかもしれません。なので、これをオフにすると状況は変わるかもしれません。

あるいは、録画に使ってるアプリの設定項目に何か似たものはないのでしょうか。

ケースがノイズキャンセルを誤動作させる例が他のモデルであります。もしかするとiPhone SE でもあるのかもしれません。お使いでないでしょうか。