失礼致します。
その書類は完全に削除してしまっても構わない書類なのでしょうか?
まず、Mac上の設定からicloud Driveのチェックボックスを外し、
iCloud Drive のチェックを外す際に、下の画像の様なダイアログが表示されたと思いますが、「Mac から削除」と「コピーを残す」のどちらを選択されましたでしょうか?
「Mac から削除」を選択した場合で、iCloud Drive からは削除したいが Mac には残して置きたいと言う場合は、下記リンクの「一度削除したファイルを取り戻すには、どうすればよいですか?」>「Mac の場合」の項目を参照して、「Dock」上の「ゴミ箱」から Mac の任意の場所に移動させて下さい。
(「システム環境設定」>「iCloud」>「iCloud Drive」のチェックを入れて置く必要が有ります。 また、チェックを入れてから操作可能になるまで暫く時間が掛かります)
iCloud Drive についてよくお問い合わせいただく質問 (FAQ) - Apple サポート
そのあとweb上のiCloud Driveで書類のファイルをを削除しました。
「削除」と言うのは、「ゴミ箱」アイコンをクリックしたと言う事でしょうか?
その場合、iCloud Drive 内の「.Trash」フォルダ内に 30 日間は保存されたままですので、iCloud.com にサインインして、下の画像赤枠部分の「最近削除した項目」をクリックして下さい。
次に、下の画像赤枠部分の「すべてを削除」を選択すると、
下の画像の様なメッセージが表示されますので、「削除」を選択して下さい。
(これで iCloud Drive から削除した書類が完全に削除されます)