アプリが起動しません

Docのアイコンではなく、アプリケーションフォルダ内のアプリケーション本体のアイコンが「？」表示になっているのでしょうか。

アプリケーションを開こうとすると[アプリケーション〇〇は破損しているか不完全である可能性があるため開けません。]と表示されるため、ユーティリティもシステム環境も開けません

アプリケーションフォルダから開こうとしたときもこうなるのですか？

それならバックアップをとってOSを再インストールした方がいいのではないでしょうか。

そうではなく、Docのアイコンをクリックしたときの話なら、「？」マークの付いたアイコンを削除（Docの外にドラッグして放す）して、アプリケーションフォルダから再登録すればよいと思います。