他のアプリでリッピングした曲がiTunes取り込み不可

iTunes でリッピングに失敗したある CD を，別のアプリでリッピングし，そのデータを iTunes および iPhone に取り込もうとしましたが，うまくいきません。

※リッピング失敗の状況 … iTunes で CD をインポートすると，インポート処理そのものは普通に完了するのですが，その曲を iTunes 上で再生しようとすると再生されず次の曲に飛んでしまう。インポートされたファイルを直接再生（アプリ：Grooveミュージック）しても，ファイルが壊れている旨のエラーが出る。

※別のアプリ … Windows Media Player で wav 形式でリッピング。さらに，リッピングで生成されたファイルを Any Audio Converter というアプリで AAC 形式（.m4a）に変換。

複数回 iTunes でのリッピングに失敗したので，あきらめて別アプリでリッピングしました。そのリッピングしたデータの格納フォルダを C:\CD\ （C: は PC の内蔵 SSD）とします。iTunes のライブラリのフォルダを S:\iTunes\ （S: は外付けSDカードのドライブ名）とします。私は iTunes ライブラリの格納先をSDカードにしています。

iTunes の設定で「ライブラリへの追加時にファイルを[iTunes Media]フォルダーにコピーする」（以下，この設定を「設定Ａ」と記述）を ON にし，リッピングしたデータを iTunes のライブラリに追加すると，追加処理は普通に実行され，S:\iTunes\ 配下の然るべきフォルダに .m4a ファイルが生成されます。しかし，この楽曲を iTunes で再生できず次の曲にスキップされます。また，S:\iTunes\ 配下にコピーされたファイルを直接再生（アプリ：Grooveミュージック）しても，ファイルが壊れている旨のエラーが出ます（この現象は，上述の iTunes での CD リッピング時の現象と同じ）。これは，対象のデータが wav 形式でも，それを変換した AAC 形式でも，どちらでも発生します。iPhone と同期すると，これらのデータは同期作業にてエラー検知され，iPhone にも取り込めません。

一方，設定Ａを OFF にし，リッピング＆変換した .m4a ファイルを iTunes のライブラリに追加するとうまくいきます。この場合，S:\iTunes\ 配下へのコピーは行われないので，iTunes は C:\CD\ の .m4a ファイルを再生しています。そして，iPhone の同期もうまくいきます。iPhone で再生も問題なくできるので，変換により作成した .m4a ファイルは正しい AAC 形式だと言えると思います。この状況では，音源ファイルが S:\iTunes\ 配下にコピーされないことに目をつぶれば，実用上困ることはありませんが，私は通常，設定Ａを ON にして音楽ファイルを S:\iTunes\ 配下で集中管理しているので，この CD だけそれができないのがやや不満です。

iTunes ライブラリへの登録も，音楽ファイルのコピーもできるのに，再生と iPhone 同期ができないのはなぜなのでしょうか？　そして解決法はあるのでしょうか？

通常と異なる状況は「iTunes 以外のアプリでリッピング」したことと「iTunes ライブラリの格納先がSDカード」であることだと思いますが，これらが影響しているのでしょうか？