Apple Pay に登録したクレジットカードは店舗で一切使えないのですか？

他の皆様が仰っている様に、登録後もプラスチック製のクレジットカードは従来通り使用可能です。

iPhone7より前の機種やAppleWatch(Series1/初代)であればApplePayは店頭では利用できず、Safari/app内のみの利用となります。iPhone/Watchの機種によって店頭での利用可否が異なりますのでご注意ください。

また、交通系電子マネー「Suica」はカードからApplePayに登録後プラスチックカードは使用不可となります。

発行時のデポジット額（500円）はApplePayにチャージされます。

ちょっと状況がよく分かりませんが、登録したカードがiDやQuickPayに対応していないとか、登録した端末がiPhone7より前の機種とかで、端末上ではそれらでしか使えないとかの意味なのでは？

登録したクレジットカード自体は普通にクレジットカードとして使えるはずですよ。

実際、iPhone7に登録しているカードは普通に買い物等でクレジットカードとして使っていますし、そこから発行されているQuickPayのカードも普通に使えています。

参考まで

ApplePayには2つの機能があります。

一つはSafariやApp Storeなどのオンライン支払い、

もう一つはiDやQuicPayの店舗でのタッチ(非接触サインレス)支払いです。

>safariとapp storeでしか使えないと画面に表示されました

というのは、後者(iDやQuicPay)としては使えないという意味です(カードブランドとイシュアの組み合わせで、それぞれの機能が使えるかどうかが変わってきます)。

なお、D300さんが書かれているように、ApplePayに登録したからといって物理カードの機能が損なわれるわけではありません。従来通りカードを店に提示しての(暗証番号やサインによる)支払いは可能です。

おとといApple Pay に登録しているクレジットカードをお店で使ってきました。

ちなみに昨日はネットでダウンロード販売でもApple Pay ではなく、そのカードが使えました。

ということでApple Pay に登録しても使えます。