iPhone上でiCloudに保存されてある写真を消す方法を教えてください。

お使いのiPhoneでiCloudフォトライブラリーをオンにしていらっしゃれば、iPhoneの写真アプリでアルバムから写真を削除すると、iCloudサーバー上の写真も同時に削除されます。　こちらのサポートを確認して見るとどうでしょうか？

→ iCloud フォトライブラリ

→ 写真やビデオを整理する

→ iCloud ストレージを管理する - Apple サポート

iCloudの容量を消費してるのが、何なのか確認することが必要。

"以前見たことがある"とのことなので、iCloudフォトライブラリーが必要以上に容量を消費してる可能性もありますが、これがバックアップの場合、必要なデータは全てiPhoneにある前提でバックアップを削除し、容量が増えたのを確認後に改めてバックアップをするのがようでしょう。