3.7 GHz Quad-Core Intel Xeon E5

それなら内蔵から起動で、データを外付けにすれば良いのではないかと思いますが。

例えばMac Pro Late 2013 を外付けHDD から起動すると遅くて嫌になる可能性があります。再起動時など特にそうです。外付けSSD から起動するとmacOS High Sierra は今のところスワップ領域を自動で確保できず、メモリの使用量が多い作業に不適です。スワップ領域の件はシェルスクリプトで急場はしのげますが。

そのCPUを搭載しているのなら、MacPro Late2013でしょ？

Mac Pro (Late 2013) - 技術仕様

「増設」なら、Thunderbolt接続 or USB 3.0接続のHDDを接続して下さい。

本体内部には、HDDを搭載出来るスペースは全くありませんし、接続用インターフェースもSSD用のスロットが１基しかありません。

内蔵は増設ではなく交換のみ可能との事です。外付けなら増設できます。一杯まで使い切っていたら別ですが。

起動は内蔵でデータは外付けがオススメですが、データ量はどのくらいなのでしょうか。

もしかしてアプリケーションだけでも内蔵に余裕なしでしょうか。

速度だけで言えばThunderbolt 接続外付けSSD でRAID 0 ということになりますが。