PDFデータについて

使用しているiPhoneに不具合が生じたので、iTunesを用いてバックアップ→初期化→復元の作業を行いました。

後ほどiBooksを確認してみると、 SafariからダウンロードしたPDFデータが全て消失してしまいました。iCloudは一切利用しておりませんが、なくなったデータを元に戻すことはできますか。

また、このようなことをなくすためにはどのような手順を踏めばよかったのでしょうか。