セキュリティアップデート後にファイルコピーに不具合

メーカー提供のソフトウェアは使わないんですか？

もっとも、読み込み方法問わず、以前よりも読み込みに時間がかかるようになったとは思うので、最新のセキュリティパッチを適用しても改善するかわかりません。

自環境では、RAWで数千枚は有り得ないので、確認できませんが、JPGなら時間がかかる以外の差は感じませんよ（SDXCからFinderでのコピーで数千枚程）

寧ろ、RAWの読み込みの問題だと思います。 未対応のRAWでもコピーは可能だから。

ハードウェア環境が違うのですが、MacBook Pro 15 Retina Mid 2012 を USB 3.0 外付け SSD（ OS X El Capitan 10.11.6 (15G21013) をインストール済み）から起動し、Finder を使って USB 3.0 カードリーダー経由で 16GB Micro SD の MP3 楽曲データ（約 2200 余り）を OS 側 SSD にコピーして見ましたが、何の問題も無く１７分程で全てコピーできました。

以上、情報提供まで。

追記。セキュリティアップデート 2017-005 (El Capitan) って去年リリースされたんですけど質問からはその後どうしたのかがわかりません。お書きの症状と同様なものは今のところ見つけられません。アップデートする際は Apple 製品以外の周辺機器は取り外した方が安全です。あとウイルス対策ソフトなどが邪魔している可能性もあります。新規ユーザアカウントでも問題が起きる場合は command + R で macOS を上書きインストール、それでもダメなら新規パーティションに El Capitan かそれより新しい macOS をインストールして検証することになると思います。

2018 年 6 月 12 日現在 El Capitan の最新バージョンは OS X 10.11.6（15G21013）です（セキュリティアップデート 2018-003 を適用）。このことがこのトピックの問題に影響を与えるのかどうかはわかりません。

Mac で macOS のバージョン番号を調べる方法 - Apple サポート

セキュリティアップデート2017-005を適用後に

細かいことですがセキュリティアップデート 2018-003 を適用すると OS X 10.11.6（15G21013）になります。

Safe Boot 状態でもダメでしょうか。

そのまましばらく置いてもコピー始まりませんか？