小緒里70さん、こんにちは
どちらもメリット/デメリットがあります。iTunesはローカルドライブへのバックアップなので、短時間でバックアップは済みますし、復元も早くなります。別の味方をすれば、ローカル故に、ハードディスクが吹っ飛んだら全滅します。iCloudの場合にはネットワークが使えないとなんともなりませんし、転送速度は遅めです。ただし、クラウドドライブなので、ある意味、ストレージの損傷に強いです。どちらにもとっておかれて、切り替えつつ使用すると言う方法がベターじゃないかと。
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いとうみきでした