ipadのバックアップを外付けハードディスクにしたいのですが

　iTunesでのバックアップですよね。

基本的にはできません。

バックアップ先のディレクトリは固定です。

どうしても外付けに行いたい場合、MacOSであれば下記のディレクトリのシンボリックリンクを任意のドライブに貼ってください。

~/Library/Application Support/MobileSync/Backup/

ただ、この方法はAppleのサポート外です。

自己責任で行ってください。