Appを取り除いている時のバックアップ

ご質問の意味がよく理解できません。　

iCloud Driveにデータを保存するアプリであれば、デヴァイスからそのアプリを削除しても、iCloud Driveにはアプリのデータが保存されたままです。　アプリ本体はiCloudバックアップの対象にはなりません。　こちらのサポートを確認して下さい。

→ iCloud バックアップの対象となるもの - Apple サポート

アプリ本体はバックアップされませんが

アプリ本体のデータはバックアップしなくても大丈夫なので元からバックアップしていません。

なので、ちゃんとできているはずです。