自分もios9をios12にituneからアップデートしようとすると
ソフトウェアダウンロード中にネットワーク接続がタイムアウトになりました。(エラー=-3259)
セキュリティソフトで引っかかる場合もあるとのことでしたがiMacなので特に入れてない…
いろいろ調べて見ると、バッファローのルーターが原因でアクセスできないことがある、というのを見たので
(家はバッファローでした)
会社の環境からアップデートしたらすんなりできました。
iTunes でエラー 3194、エラー 17、「このデバイスは、要求されたビルドには使用できません」というエラーが表示される場合 - Apple サポート
上記リンク先にも
インターネットルーターをバイパスします。一部のルーターが原因で、iTunes がアップデートサーバにアクセスできないことがあります。他社製のルーターをお使いの場合は、以下の手順をお試しください。
とあるので、アプデでタイムアウトする人はルーターを疑ってみてもいいかもしれません。