iCloudフォトライブラリのフォルダに保存されているデータを削除すると、iCloudのデータも消えてしまいますか？

お使いのPCがMacのことであれば、消えます。　Windows-PCの場合は、同期にはなっていないので消えないと思います。　少し試してみるとすぐにわかりますよ。

→ Windows パソコンで iCloud 写真に問題がある場合 - Apple サポート

iCloud 写真の写真とビデオはどうすれば削除できますか？

写真やビデオを削除する場合は、iPhone、iPad、iPod touch、または Mac、および iCloud.com の写真 App で削除できます。

Apple デバイスまたは iCloud.com から写真とビデオを削除しても、Windows パソコンからは削除されません。また、Windows パソコンにある写真またはビデオを削除しても、iCloud 写真からは削除されません。

同期しているなら消えるはずです。

試しに、捨てて良い写真を上げてから、Macで削除してみれば確認できます。