失礼致します。
私の環境 macOS Mojave(10.14.1)の「GarageBand(10.3.1)」で確認して見ましたが、全く問題無くライン入力可能ですので、少なくとも macOS Mojave(10.14.1)のバグでは無いですね。
システム環境設定のメーターは振れているので、ソフトの問題かと思われます。
念の為、「QuickTime Player.app」を起動して、「ファイル」メニュー >「新規オーディオ収録」で、オーディオが収録出来る事を確認して見て下さい。
「GarageBand(10.3.1)」を再インストールする前に、「セーフモード」で起動後に MacBook Pro を再起動してからログインし、同様の不具合が発生するかどうかを確認して見て下さい。
セーフモードを使って Mac の問題を切り分ける - Apple サポート
改善されない場合は、別のユーザアカウント(管理者アカウント。 無い場合は、新規作成)にログインし、同様の不具合が発生するかどうかを確認して見て下さい。
Mac で別のユーザアカウントを使って問題を検証する方法 - Apple サポート
また、再インストールをしようと思いまたが、App Storeからダウンロードできません。
「セーフモード」でも別のユーザアカウントでも同様の不具合が発生する場合は、アプリケーション自体の不具合を疑い、「GarageBand(10.3.1)」の再インストールを行いますが、「GarageBand(10.3.1)」を終了し、「Finder」を開いて「アプリケーション」フォルダ内の「GarageBand.app」を「ゴミ箱」に入れ、「」メニュー >「App Store」>「アカウント」を選択すると、下の画像の様に「GarageBand」の「状況」ボタンの表示が「ダウンロード」アイコンに変わっていると思いますので、クリックして「GarageBand(10.3.1)」をダウンロード&インストールして下さい。
「GarageBand(10.3.1)」の再インストールを行なっても改善されない場合は、システム自体の不具合の可能性が有りますので、MacBook Pro 起動時に「command」+「R」キーを押し続けて「macOS ユーティリティ」を起動し、「macOS を再インストール」を選択して、macOS Mojave(10.14.1)を再インストールして下さい。
(システムが上書きされるだけですので、ユーザのデータや設定はそのまま残りますが、念の為「Time Machine」等でバックアップしてから行なって下さい)