Automator で シェルスクリプトの実行ができません

当方 Mojave 未導入なので実際に試すことはできませんが...、Run Shell Script.action は署名済みなので、パッケージ内を勝手に改変したから動かなくなったのだと思います。

解決策はよく分かりませんが、こんな感じで上から順番に試してみてはどうでしょうか？

• Shells.plist を (拡張属性等も含め) 元のとおりに書き換える
• Time Machine から Shells.plist または Run Shell Script.action を持ってくる
• 外付け HDD に Mojave をインストールして、そこから Shells.plist または Run Shell Script.action を移植
• Run Shell Script.action をどこかに退避して、Mojave を上書きインストール

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あと、Automator で PHP を使うなら、こんな感じでどうでしょうか？

選択した Finder 項目を取得 等のアクション

↓

シェルスクリプトを実行

シェル: /bin/bash 入力: 引数として

php <<'EOF' -- "$@"
<?php

$me = array_shift($argv); $argc --;

foreach ($argv as $f) {
    print $f . "\n";
}

?>
EOF

簡単に済ますなら、ワンライナーで

シェルスクリプトを実行

シェル: /bin/bash 入力: 引数として

php -r 'print $argv[1] . "\n";' -- "$@"

とか、

シェルスクリプトを実行

シェル: /bin/bash 入力: stdinへ

php -R 'print $argn . "\n";'

> Apple側には、Script.action にも php をデフォルトで入れて欲しいとは思いますが。

なぜ PHP が入ってないのか私も不思議に思ってます。Apple にフィードバックしてみてはどうでしょうか？

フィードバック - Apple（日本）

https://www.apple.com/jp/feedback/

ええと、もしかして、ご自分で再署名したい...ということだったのでしょうか？もしそうなら、できるできない以前にやるべきではありません。ファイルの書き換えと再署名は Apple がすべきこと。仮にできたとしても、このボードで議論すべき内容ではありません。