結論からお答えするとApple MUSIC上の"仕様"です。
※Appleからの回答⤵︎
例
先にシングルを購入(仮500円1曲)
その語、そのシングル曲の入ってるアルバム購入
→この時点でアルバムにその曲を含む4曲が含まれており本来アルバムの購入金額は4曲2千円のところが先にシングル曲を購入してる為、1500円のアルバム購入金額となります。(その為、先に購入してるシングル曲の料金はアルバム購入金額に含まれません。)
ここからが、仕様の話になりApple MUSIC内のアルバムを確認しても先に購入したシングル曲は含まれてないもしくは曲が、グレーアウトしてる状態。
iTunes Storeからタイトル曲を確認も購入済み表示
ですので、今現時点ではiTunes Storeで先に購入した曲がアルバムとしての再生が出来ない問題が起きてる。
※今後、改善されるか不明。
今回私も上記同様の件でiTunes Storeサポートに問い合わせを行いシングル曲とアルバムの返金を行なってもらい、改めてアルバムを購入し問題を解決致しました。
※曲の返金可能な期間まではわかりません。
アルバムなのにアルバムという形で曲が聴けないのが仕様になるのはアップルユーザーとして悲しいですよね
今後、改善していくことを願っております。。。
この回答が役に立って貰えば光栄です。