Apple PayをiPhone SEで使用できますか？

失礼致します。

下記リンクに、Apple Pay に対応している iPhone として、iPhone SE が記載されていますが、対応しているのは、「App 内」と「Safari の Web 上」での支払いのみ の様です。

• 日本で Apple Pay を使って実店舗及び交通機関での支払いには、iPhone 8 以降または Apple Watch Series 3 以降、または日本国内で販売された iPhone 7、iPhone 7 Plus、または Apple Watch Series 2 が必要です。

Apple Pay はこれらのデバイスに対応しています - Apple サポート

https://news.mynavi.jp/article/20170125-iphone_why/

ご参考