これは写真が消えるということでしょうか？

｢iPhoneから削除｣と｢キャンセル｣の二択になります。
 これは写真が消えるということでしょうか？

iPhoneからは消えますね。 iCloudには残ったままです。

例えば、iPhoneの写真アプリで一つの画像を削除するとiCloudからも削除されますが、iCloudフォトライブラリをオフにするということは、同期をやめるということなので削除とは異なります。

しかし、今回はiPhoneの容量が十分にあるので、動画像をiPhone内で保存したいということですよね？

そうであれば、オリジナルをダウンロードした状態でiCloudフォトライブラリをオフにしなければなりません。 その時はiPhoneに残す選択ができるはず。

iCloud 写真を設定および使用する - Apple サポート

リンク先では、iCloudフォトライブラリをオフにすることは書かれてませんが、iCloudフォトライブラリがどういうものなのか読んでください。

または、Macを使っているなら、MacのイメージキャプチャでiPhoneから動画像を読み込むとオリジナルが読み込まれるようですが………。