PDFファイルをプレビューで編集して保存すると、それ以前にプレビューで編集した部分が消えてしまいます

ストレートに考えればプレビュー.app を使う限り手がないです。

他のApp を試せないでしょうか。

編集というのは「マークアップ」でテキストや図形などを追加している、ということでしょうか。

また、特定の PDF ではなく、他の PDF や新たに作成した PDF なども同様なのでしょうか。

プレビューって、変更した後そのままでも閉じる際に自動で保存されてませんか？

またファイルメニュー＞バージョンを戻すにすれば過去のバージョンに戻すこともできます（ただ、timemachineのバックアップがあれば？）