iPad の交換後に撮影したものは両方に保存されますが、削除する際も両方の端末から削除がされるようになってしまいました。

iCloud写真の代わりに、マイフォトストリームを設定していたのではないでしょうか？

→ マイフォトストリーム

→ iCloud 写真とマイフォトストリームについて

今までiPadで撮影した動画などは自動にiPhoneにも保存されており、そのデータの削除なのは端末ごとに行うことが出来ていました。

この機能は、どういう設定で実現出来ていたんでしょうか。

特に、iPhoneへの自動転送。

iPadの交換を行った後からは撮影したものは両方に保存されますが、削除する際も両方の端末から削除がされるようになってしまいました。

iCloud写真をオンにすると、こうなります。

T22Tさんへ。

マイフォトストリームって、保存までしてくれましたっけ。

全く気にしてなかったので、確認してなかった。

分かった。

写真アプリの画面でインデックスとして見えてるのを、ユーザの表示の操作で写真アプリが個別にダウンロードしてたんだね。