アプリケーションは、破損しているか不完全である可能性があるため開けません。
PCを使っている途中で、前日作ったkeynoteのファイルが開かなくて、存在しないと言われたため、再起動したら、ほぼ全てのアプリがこのメッセージが出て立ち上がりません。DOCKからもアプリケーションからも。
環境設定、アップストアも同じように開かないので、タイムマシンもOSの再インストールもどうしたらいいのかわかりません。
MacBook Pro with Touch Bar
タイムマシンのバックアップが確保されているのであれば、
https://support.apple.com/ja-jp/HT201314
に従ってOSを復元することができます。
ただし、現象から考えて少し気になるのは、ストレージ(SSD)がハードウェア的に故障している可能性があるということです。
まずはバックアップを用いずにOS再インストールだけ行い、しばらく動作確認した後に、再度バックアップから復元を試したほうが良いと思います。