すべての内容が、iTunesライブラリの内容に置き換えられるって、、

iTunesにある音楽が一部グレイテキストで表示されるので、ヘルプ等検索し、「ファイル」→「ライブラリ」と進んだのだが、最新のものにアップデートしてしまったからなのか、「iCloud ミュージックライブラリをなんちゃら」というのがないので、公式ではないページ等を参考に、デバイスの概要オプションの「音楽とビデオを手動で管理」のチェックを入れて適用、同期し、再びチェックを外し同期等しようとチェックを外そうとすると、「お使いのiPhoneにある音楽とビデオを手動で管理するのをやめますか？現在iPhone〜にあるすべての内容が、iTunesライブラリの内容に置き換えられます」というメッセージが出て、外すためにOKを押すとiTunes下のゲージからAppは完全消滅、他データも減ってしまい、すべての内容が置き換えられるというのが、とても不安です。

これはどのような意味ですか？