icloudストレージの使用容量が減る

icloud50GBサービスを利用中。

iMac, iPad Pro, iPhone7, Windows7 2台の計5台を同一IDで利用していますが、icloud残り容量が増えていることが起こります。つまり、icloudで保存していたファイルが一部消え使用容量が減少します。

最近の大きな環境変化としては、Windows7 2台のHDDの換装及び再インストール（内1台はクリーンインストール）を行ったことです。

icloudが同期を行う際、icloudデータ量の少ないマシンが接続された場合、icloudデータ全体がデータ量の少ない状態に置き換えられてしまうことがあるのでしょうか？