アップデートしてからブックマークが消えた

設定＞自分の名前＞iCloud＞Safari＞オン

になっていれば、そのうちデータがダウンロードされると思いますが、アップデート後 iCloud同期がうまくいかないということも聞きますので、半日経ってもデータが戻らないようであれば、iCloudからサインアウト＆サインインしなおしてみてください。

できればWifiとLightningケーブルに繋いでおいたほうがいいです。

こちらのサポート記事もご参照ください。

https://support.apple.com/ja-jp/HT203768

Safariについての説明はありませんが、しくみはメモや連絡先などの iCloudに直接同期してあるデータと同じように戻されるようになっているはずです。

iCloudに同期するように設定してあったのでしょうか。iPhoneを再起動すると表示されるようになりませんか。

(先日、iCloud保存してあったボイスメモがiPhoneの再起動で戻ったという書き込みがありました)