タグを削除したら、タグ付けしていたファイルが無くなりました…。

システムのバージョンはなんでしょう？　Sierraですか？

Sierra / Mojave / Catalina でテストしてみましたが、いずれもファイルやフォルダが消えることはありませんでした。

Finderウインドウでサイドバーのタグのいずれかを選択すると、そのタグをつけてあるファイルフォルダーが表示され、

その状態でタグを削除すると、それらのファイルとフォルダは見えなくなりますが、元の場所に残っています。それで

実際に消えたとすると、見当がつきません。

訂正です。Finderのサイドバーで操作しても消えませんね。

最初の問いに戻ります。どうやって削除したのでしょう？

[タグを削除]ってどこでやりました？　Finderウインドウのサイドバーに表示されているタグの上で

コンテクストメニューを出して「タグXXXXを削除」としてしまったのですかね。

これだとそのタグが付いているファイル＆フォルダを削除になってしまいます。

タグを減らしたいなら、Finderの環境設定でタグを削除しないと。

消えたファイルですが、バックアップがないと回復は難しいですね。市販のファイルリカバリユティリティを試すくらいですか。