iTunesカードについて

カードは購入した国や地域でしか使えません。

たとえば、米国で購入した App Store & iTunes ギフトカードを日本の iTunes Store で使うことはできません。

App Store & iTunes ギフトカード、Apple Music ギフトカード、コンテンツコードを使えない場合 - Apple サポート

>海外の日本とは通貨が違うiTunes カードを購入した場合日本円として反映されるのか。

そんな為替機能はありません。

>また日本円として反映されなかった場合アプリの日本円の支払いで使うことが出来るのでしょうか？

実質的な為替サービスになり、できません。金融庁の認可（登録かな？）が必要になりそう。