メールアプリの不具合？

「設定」＞「パスワードとアカウント」＞（Gmailのアカウント）＞「アカウント」＞「詳細」において、「アーカイブメールボックス」に「すべてのメール」を割り当てておられと、そうした挙動になります。「すべてのメール」には、「ゴミ箱」と「迷惑メール」に入っていない全てのメールが含まれるからです。

何か別のフォルダを追加するなどして、「すべてのメール」以外のものに割り当てを変更しておかれると良いかと思います。

なおこの「すべてのメール」はデフォルトの設定なのですが、設定の変更操作をいろいろくわえたりすると、その過程では別の名称（アカウントの説明名称など）で表示されることもあります点にはご注意ください。

私のところでも同じですよ。現状で何も問題はないと思いますが…受信ボックスのメールを開ければアーカイブの未読バッジも消えるので、まったく気にしていません。ちなみに同じメールが2つ届いているわけではありません。