2台とも同じになったApple IDを別々にしたい

2台とは？　iPad Airとありますが、それとは別のものでしょうか？

設定＞ユーザー名（Apple ID)で、サインアウトのコマンドを実行して、別のApple IDを使って、サインインし直すだけですよ。

Apple IDはApple社から見たときは一人のユーザとして認識されます。

なので、別人が使うなら、Apple IDを別にする方が良いですが、同じ人が使うなら、同じApple IDにしておく方が何かと便利です。同じApple IDにしてれば、前のデバイスで購入したアプリや曲などもそのまま他方のデバイスでも使えます。Apple IDを別にすれば、再購入になります（ファミリー共有という方法もありますけど）。iCloudの同期を利用すれば、自動的に連絡先、メモ、パスワードなどが同期したりします。