スペースキー　変換できない

確定した後の再返還にはスペースキーは使わないですよ。

再返還したいフレーズを選択するか、間にカーソルを位置付けておいて、

shift+control+R か 「かな」キーを2度押しすれば、変換候補が示される

はずです。アプリケーションの作り方によっては、この機能が働かない可能性

もありますが、全てのアプリでしょうか、特定のアプリだけでしょうか。

失礼致します。

その方法でも消えます。

何らかの原因で「再変換モード」が有効にならないか、「option」キー等が押されたままと認識された状態なのかも知れませんね。

「セーフモード」で起動した状態でログインし、同様の不具合が発生するか確認 して見て下さい。

セーフモードを使って Mac の問題を切り分ける - Apple サポート

改善されない場合は、「NVRAM リセット」と「SMC リセット」 を行なって見て下さい。

• Mac の NVRAM をリセットする方法 - Apple サポート
• Mac の SMC (システム管理コントローラ) をリセットする - Apple サポート

その方法だと消えてしまいます。

文字選択した状態で、かなキーを2度押ししてから、スペースキー、

もしくは、 シフト+コントロール+Rキーを押してから、スペースキー です。

スペースを削除の設定から変えること

スペースキーは、削除する設定にはなっていません。

文字を選択した状態でスペースを押すと、選択した文字に空白を入力した状態になって、

削除されているように見えるだけです。

その方法でも消えます

かなキーや、 シフト+コントロール+R は、何も入力しないので、

文字が消えるのはおかしいです。

文字を入力している途中の下線がついている状態で、スペースキーを押しても、

文字変換しないのでしょうか？

こちらのサポートを参照してみるとどうでしょうか？

→ 変換を元に戻す

→ ひらがな数字をその他の表記法に変換する