Apple store以外で、Apple ID残高を使う方法を教えてください。

apple storeではもともと使えない。

使えるのはiTune store, app store, book store。

無いです。

App Store 等を利用しないのになぜ Apple ID に入金する羽目になってしまったのかわかりませんが、Apple Music などのサブスクリプションや、iCloud ストレージの有料オプションなどもお使いではありませんか？　Apple ID の残高はこれらの支払いにも利用できます。