同じAppleIDのため片方で写真を消してしまうとりょうほうからきえてしまいます

仕組みを理解してます？

iCloudフォトライブラリをオンにしている場合、クラウド上の写真が本体で、各端末は閲覧している状態です。

当然、片方で削除すればもう片方からも消えます。

こうなるのを避けるには、6Sの方のiCloudフォトライブラリをオフにして、写真を端末にDLすれば良いですが、今後XSで撮った写真は6Sでは見れなくなります。

iCloudをオフにしたばあい、オフにした端末でアクセスできないだけでクラウド上のデータは消えません。