SafariでPDFファイルをダウンロードしようとしても出来ません。

ドックのゴミ箱の左（画面下にドックを置いた場合）にダウンロードフォルダがありますが、ここに入ってませんか。

例えば Yahoo メールの場合だったら下記のサポート記事が参考になるかもしれません。

Safariで添付ファイルの保存ができずお困りの方へ（パソコン版）

https://whatsnewmail.yahoo.co.jp/cat/20200402m.html

状況がよくわかりませんが、ダウンロードボタンを押したら、ダウンロードフォルダーに入ってませんか？

入ってれば、それをダブルクリックしてやれば、デフォールトのアプリ（excelのファイルならexcelで開く）で開きますけど。pdfの場合は、サイトに置いてあるpdfにsafariでアクセスした場合には直接開くと思いますが。そこで保存としてやればダウンロードフォルダー内にそのpdfファイルが置かれます。

>メールなどで添付されてきたPDFファイルを開こうと、ダウンロードボタンを押すのですが、

開きたいのにダウンロードボタンを押すのは変ですが。

ダウンロードの場合に保存先を指定（変更）してますか。

デフォルトだと、ホーム／ライブラリの同じ場所に保存されるんじゃなかろうか。